医生的科研之路，生信论文 26
发布于 2020-05-02 · 浏览 1287 · IP 上海上海
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生信论文的套路
- ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；
- 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要；
- Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；
- cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）；
- STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）。
第26篇生信文章的分享。这篇论文的思路很清晰，先是R语言下载数据，并进行一系列分析，最后找出关键基因，并从表达差异和临床意义上进行验证（生信+实验结合验证）。这也是生信分析的一种思路。但是万变不离科研的中心，基因的差异表达+临床意义+机制探索。
首先是数据分析的流程图和实验设计。
数据分析模型的构建和展示。
关键模块的注释和分析，热图和富集分析都有。
鉴定关键基因（hub gene)。
评估关键基因的意义。
oncomine数据库和火山图差异分析。
表达差异与分期的相关性分析。
最后是表达差异与存活率的相关性分析。
GSEA富集分析和湿实验验证。这里值得借鉴和学习！
总的来说，这篇论文的思路很清晰，先是R语言下载数据，并进行一系列分析，最后找出关键基因，并从表达差异和临床意义上进行验证（生信+实验结合验证）。这也是生信分析的一种思路。
最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 1287
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