医生的科研之路，生信论文70
caiwj2001 +1 丁当生信论文新套路
- 差异分析 (differential expression)；
- 生存分析 (survial analysis)；
- 相关分析 (correlation analysis)；
- 统计分析 (statistical analysis)；
- 组学分析 (genomic alterations)；
- 突变分析 (mutational analysis)；
- 免疫分析 (tumor infiltration analysis)。
科研的道路，从来没有坦途。和所有科研工作者一样，卓浩的科研之路也布满荆棘。重复和单调是学术人的常态。实验，报告，数据被批；再实验，分析，报告，模型被批；重新建模，实验，分析。科研要承受失败，承受孤独，承受重复，承受思维活跃与执行无力间的矛盾，承受难题的接踵而至。从选题--选表型，定基因；到分析--生信分析技能；到作图--数据和可视化；到写作，选期刊等，都需要逐个突破。
第70篇生信文章的分享。该论文发表在2015年，其中用到的生信分析技能在当时还是比较新颖的，再结合湿实验，整体是非常不错的文章。但是为什么发表的论文层次不高呢？
其实，这就回到我们初始的问题——被探究问题的意义何在。对于一个事物，我们可以无限次地去追问为什么，但并不是每个为什么都值得花费很多精力和时间。
因此，芒果本人非常赞同爱因斯坦的观点——提出一个问题比解决一个问题更重要！比如，古往今来无数人看到苹果落地，却只有牛顿提出“万有引力”。这篇论文放在新冠病毒爆发的背景下，期刊的层次可能可以更上一层楼；而我们分享的生信论文68，69，在没有新病毒的背景下，顶多就是3分左右的层次。因此，在我们具备科研思维和生信技能之后，提出一个好的科学问题，是决定论文层次的关键之一。
摘要的写作，中规中矩。请大家不要误会，在这里，中规中矩是中性词，就是说逻辑和用词符合论文发表的要求。当然，这个摘要也存在一些问题，主线模糊，最起码摘要和题目不完全相符。CD34是造血干细胞分化过程中的一个关键分子，文中说CD34与血管形成有关，但题目中完全没有兼顾到CD34。肾素-血管紧张素-醛固酮系统与血管生成的关系虽然都含有血管字眼，但是关系却并不密切。
作者首先利用GEO和TCGA数据做正常和肿瘤组织中ACE2、CD34表达差异的对比，并进行表达的相关性分析。论证充分。
然后用其他GEO数据验证，并进行GSEA富集分析。
接下来，作者通过临床标本，从RNA和蛋白水平分别验证正常、肿瘤组织中CD34和ACE2的表达，并进行相关性分析。湿实验验证部分，数据充分，结果也很漂亮，而且基因表达的相关性比数据库分析得到的更好。
通过ELISA实验验证血管紧张素与VEGF在正常、肝纤维化、肝硬化和肝癌中的表达，并探索表达的相关性。线性关系显著。这部分工作也很漂亮。
最后，作者分析ACE2高表达和低表达组患者的存活率，属于临床意义的探究。结果具有显著差异。但是，文章的分析就到此结束了，为什么不进一步分析肾素、血管紧张素等高表达、低表达组的生存分析呢？
总体来说，该论文每一部分工作都相当完美，但是组合在一起，作者并没有讲出一个好的故事来，为什么呢？因为没有遵循科研思维来组织文章的数据。因此，决定文章最终层次的，还是科研思维。
最后，我要纠正一句话，即使在新冠病毒爆发的今天，这篇文章的层次基本锁定在2~3分。因此，一句话，分享给大家——临床科研本相通，先看思维次在功；识得坚持热爱趣，手上自然有春风。与果友们共勉。希望大家先学习到思维，再掌握生信技能。
