lncRNA荧光定量引物设计

请问各位做过lncRNA的老师和同学，我最近通过测序筛选到了很多差异的lncRNA想要做荧光定量进行验证，

问题一：一个lnc有好多个转录本，那这个引物设计要用哪个序列呢？

二：设计有什么要求吗？

三：公司让我先扩增全长验证一下序列，那这个扩增全长的引物应该怎么设计呢？

四：我把一条转录本序列在ncbi上blast，结果序列好多和mRNA重复，这样是正确的吗？那这个重复序列对引物设计有什么影响吗？

希望做过的老师和同学可以回复一下。很迷茫了，谢谢各位。