CircRNA引物设计

小弟研一科研小白一枚，本科双非，硕士也是很普通的医学院校，所以科研基本没接触过。最近面临开题，因为后期实验涉及qRT-PCR，一直被困扰在引物设计环节，今天终于豁然开朗，把自己总结的一些捷径分享给大家，欢迎探讨。

本人要做的是环状RNA，因为师兄没有涉及相关的研究，所以本人对环状RNA的了解也是捉襟见肘。在后面的课题中主要探讨的是环状RNA作为miRNA海绵的机制。

通过对相关肿瘤细胞的RNA测序（以上均是师兄的劳动成果），将差异表达的数据进行分析并结合文献，最终确定了自己想要研究的RNA。但是搜索PubMed的相关文献，ceRNA的机制研究基本上都是要在组织和细胞验证表达差异性的。这就涉及到了qRT-PCR技术。虽然文献里轻描淡写的就说完了，但是自己做起来里面每一步的细节还是着实对一个科研小白不太友好。

环状RNA引物的设计不同于线性RNA或者DNA，需要考虑到其独特的环状结构。本人也是搜寻了很多CircRNA相关的网站，例如circbase、circbank等等，包括引物设计的一些网站和软件：primer3、primerbank、oligo7等等，但是最终还是败给现实。不知道是什么原因，NCBI搜索不到我需要研究的circrna的相关信息，但是通过circbase和circbank这些网站，还是能查询到相关环状RNA的一些信息。对于引物设计，可以选择外包，我自己是找了外面的公司设计的引物，两个RNA的引物1300，还不包效果，自己弄了一个引物找公司合成才82，这差距也太明显了，因为后期差不多需要验证10个RNA的差异表达，就需要设计10个RNA的引物，如果全部外包的话太贵了，老板虽然有钱，但是我还是舍不得，哈哈。

直接给大家一个简便的方法，https://circinteractome.nia.nih.gov/，circinteractome网站点击Divergent Primers，输入自己的环状RNA就可以生成一个环状RNA 的序列，点击下面的Primer3或者NCBI Primer Design就可以生成引物啦。关于特异性验证，我也尝试过在blast验证设计过的引物，都是查不到结果的，可能因为引物设计的时候序列就是经过拼接的吧。

关于PCR的相关技术以及细胞生物学技术希望大家带带小白呀，感谢！