【一文就够】根据基因名批量下载蛋白质序列

使用R语言的biomart包，可以完成这个任务。

```r

# 安装biomaRt包

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("biomaRt")

# 加载biomaRt包

library(biomaRt)

# 定义数据库

mart <- useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")

# 根据基因名，批量提取蛋白质序列

seq = getSequence(id = c("BRCA1","TP53"), 

                  type = "hgnc_symbol", 

                  seqType = "peptide", 

                  mart = mart)

# 显示基因名和蛋白质序列

show(seq)

# 默认目录下输出fasta格式seq

exportFASTA(seq, file="seq")

```

# 致谢

感谢@火车二场 ，提供了【输出fasta格式】的代码。

拟解决论坛内问题：

怎么根据基因名或者ID，批量得到蛋白序列

如何批量下载不同物种的某基因序列

用bioperl从NCBI批量下载序列

如何批量获取基因的氨基酸序列

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