【一文就够】TCGA数据ENSG转换为基因名(Symbol)

TCGA的RNAseq数据，是使用gencode进行基因注释的。因此，下载raw_counts后，基因名称是"ENSG"开头的ensemble号。ensemble号没有实际意义，而发表文章常用的是基因名称，经常阅读文献可以从基因名称猜测基因功能。因此，需要将ENSG转换为Symbol（基因名称）。

将ENSG转换Symbol，是常规操作，于是，首先选择找找已有的R包，而不是选择撸起柚子造轮子。

```r

# 安装包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("AnnotationDbi")

BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

# 加载包

library("AnnotationDbi")

library("org.Hs.eg.db")

# for test

GENEID <- c(1,2,3,9,10)

ENSEMBL <- c("ENSG00000121410","ENSG00000175899","ENSG00000256069","ENSG00000171428","ENSG00000156006")

df <- data.frame(ENSEMBL,GENEID)

# ENSG转换Symbol

df$symbol <- mapIds(org.Hs.eg.db,

                     keys=ENSEMBL,

                     column="SYMBOL",

                     keytype="ENSEMBL",

                     multiVals="first")

```

已解决以下论坛问题：

求助：有关批量ensembl ID转换为symble，缩写名的问题

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