【一文就够】批量下载SNP附近序列

```r

# 安装R包

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("BSgenome")

biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19")

# 加载R包

library(BSgenome)

library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)

# for one SNV

chr <- "chr2"

pos <- 46589573

allele <- "[C/A]"

offset <- 200

#chr2:46589073-46589573

# 根据chr:pos获得SNP附近序列

seq <- paste0(getSeq(Hsapiens,chr,start=(pos-offset),end=(pos-1)),

              allele,

              getSeq(Hsapiens,chr,start=(pos+1),end=(pos+offset)))

# 查看序列

show(seq)

```

得到结果如下~

enjoy~

拟解决的论坛问题：

请教snp位点两端序列查找

[求助]请问如何找到SNP序列的原序列

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另外，我分享了一个目录：版内《生信问题及解决方案》目录汇总

旨在 完善知识体系、方便查询所需代码、减少搜索的时间；

~~~喜欢我的分享，请用丁当鼓励我吧！~~~~

如你想我发布其他的生信经验分享，可以私信留言给我，

我会不定期挑选一些发布在坛子里

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