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GSEA运行后报错基因名有重复怎么办?

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检验科医师 · 发布于 2022-04-29 · IP 江苏江苏
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这个帖子发布于 3 年零 218 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

run后报这个错,是说我提供的gct文件里有重复的基因吗?

确实有,但要怎么处理?同一个基因表达量取平均值,最后只留一个名字?4万多基因,头疼怎么处理

请有经验的战友指点迷津


<Error Details>

---- Full Error Message ----

There were errors: ERROR(S) #:2

GeneSets should have unique names. The lookup is ...

---- Stack Trace ----

# of exceptions: 1

------There were errors: ERROR(S) #:2

GeneSets should have unique names. The lookup is case INsensitive. Found duplicate name: c2.cp.wikipathways.v7.5.symbols.gmt#WP_ARYL_HYDROCARBON_RECEPTOR_PATHWAY

GeneSets should have unique names. The lookup is case INsensitive. Found duplicate name: c2.cp.wikipathways.v7.5.symbols.gmt#WP_HEDGEHOG_SIGNALING_PATHWAY

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