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BLAST序列比对

发布于 2021-01-20 · 浏览 3158 · IP 湖北湖北
这个帖子发布于 4 年零 30 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
icondachong99 +8丁当


1、 打开BLAST

1)BLAST 的网站可以通过 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 直接进入;

2)从NCBI主页进入

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2、 BLAST 页面介绍

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1- 通用BLAST 标头

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1.1 NCBI名称,可以链接到NCBI的主页;

1.2 BLAST 主页链接;

1.3“最新结果”链接;BLAST的搜索结果可以保存36h.

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1.4“保存的策略”标签;列出了之前保存的一组搜索设置参数。它允许检查使用的搜索设置参数,快速重新启动这些搜索,以及下载用于在独立BLAST中共享或重复使用的特定策略。

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1.5“帮助”选项;链接至BLAST ftp站点(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/或 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/) 上的帮助文档、教程、参考文献和有用下载目录的链接列表。

1.6 “我的NCBI”,一个来自NCBI的免费帐户,允许用户定制他们的网站偏好和管理他们在网站上执行的作品。可以注册NCBI账户,获得比较个性化的服务,参考NCBI数据库指南(一)。登录时执行的BLAST搜索允许通过“最近的结果”页面访问36小时的搜索结果。保存的策略将被永久保存。


2-提交搜索的工具之一:基本的BLAST

2.1 有五个BLAST搜索页面,每个页面执行特定类型的序列比对。具体如下:

类型输入VS数据库比对程序和功能nucleotide

blast nucleotide vs nucleotide Nucleotidemegablast:用于序列鉴定,种内比较

不连续megablast:用于种间比较,使用编码序列搜索

blastn:用于查询较短的查询,进行种间比较protein blast Protein vs proteinproteinblastp:一般序列识别和相似性搜索;Quick BLASTP:用Kmer匹配加速搜索速度非常相似的蛋白质;DELTA-BLAST:蛋白质相似搜索灵敏度高于blastp;PSI-BLAST相似性搜索:迭代搜索position-specific得分矩阵(PSSM)来确定蛋白质远亲家庭;PHI-BLAST:蛋白质与输入模式作为锚/约束blastxnucleotide (tr) vs proteinproteinblastx:用于识别核苷酸查询编码的潜在蛋白产品tblastn protein vs nucleotide (tr) proteintblastn:用于识别编码类似于查询的蛋白质的数据库序列tblastx nucleotide (tr) vs nucleotide (tr)  proteintblastx:基于编码潜力来识别与查询相似的核苷酸序列

2.2 BLAST序列数据库的内容如下:

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2.3 核苷酸BLAST比对参数设置

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参数的选择:

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可以设置以不同的速度和灵敏度进行核苷酸vs核苷酸搜索。

  • 默认的megablast更适合例如识别输入查询和使用大型基因组查询进行搜索。
  • Discontiguous megablast 在寻找其他物种的相关序列方面效果更好。
  • blastn更适合短输入查询和识别短匹配,比megablast更适合跨物种搜索。

可以直接点击“ BLAST”按钮(F)将搜索提交给BLAST服务器进行处理。完成后将自动显示结果。

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也可以点开Algorithm parameters 进行更多的参数设置;

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上述就是核苷酸BLAST的参数设置的介绍

最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 3158

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