[原创]【NGS数据分析经验分享】1-1 VMware虚拟机安装Linux
推荐绝大多数的NGS分析工具都运行在Linux系统下。所以为了方便学习，我推荐在自己的电脑上通过虚拟机来安装Linux进行实践操作。我会尽力使用普通用户权限完成操作，以方便将来在远程服务器集群上完成数据分析。
运行于Windows操作系统的的虚拟机软件有VMware，Virtualbox等等。流行的Linux发行版本有CentOS(RedHat)，Ubuntu等。下面以VMware为例，安装CentOS。
虚拟机软件VMware player下载地址：https://my.vmware.com/en/web/vmware/free#desktop_end_user_computing/vmware_workstation_player/14_0
CentOS 7 ISO安装镜像下载地址：http://isoredirect.centos.org/centos/7/isos/x86_64/CentOS-7-x86_64-DVD-1708.iso
喜欢用Ubuntu的话可以在这里下载：https://www.ubuntu.com/download/desktop
推荐使用LTS(Long Term Support)版本。
安装VMware player，这和安装其他的Windows软件没有什么不同。运行VMware player（桌面或者开始菜单中应该有图标，我可不想在这里啰嗦Windows如何使用）。
点击“Create a New Virtual Machine”来创建一个虚拟机。
为了方便配置虚拟机属性，选择第3项“I will install the operating system later”。
操作系统类型选择“Linux”，版本选择“CentOS 7 64-bit”。
给虚拟机起个名字，并选择虚拟机文件的存储位置。因为虚拟机文件会随着使用增大，所以尽量选择空间充足的磁盘（如果将来磁盘不够了，也可以将虚拟机文件移动/复制到更大的磁盘）。
这里保留默认的文件大小，并且选择“Split virtual disk into multiple files”。这一项保证单个虚拟机文件的大小不会超过操作系统的限制（有些文件系统对单个文件的尺寸有限制，而且文件太大也不方便拷贝）。
这一步点击“Customize Hardware”选项，对虚拟机的CPU核数，虚拟内存，显卡加速等进行配置。
选择尽可能大的内存和CPU核心数（推荐内存8G以上和4核CPU），如果有可能，选择显示卡加速（不是所有的电脑都支持这个选项）。
点击“Close”结束配置，点击“Finish”完成虚拟机的创建。
在左侧虚拟机列表中会出现新建的空白虚拟机（名字是你起的）。下面给这个虚拟机安装CentOS系统。点击“Edit virtual machine settings”。
在“CD/DVD (IDE)”设置中，选择“Use ISO image file”，点击“Browse”，选择之前下载的Linux ISO安装文件，点击“OK”完成设置（其实，也可以在之前设置虚拟机的时候设置这一项，单独列出了是为了逻辑清楚）。
点击“Play virtual machine”运行虚拟机，虚拟机启动运行会自动加载ISO安装镜像。
鼠标点击窗口中黑色区域，鼠标会消失。这表示你的鼠标和键盘“进入”到虚拟机里，你可以用鼠标和键盘操作虚拟机。这个黑黑的界面还不支持鼠标，请用键盘的方向键选择“Install CentOS 7”（反白），按回车继续。请暂时忽略下方黄色提示信息（当完成安装之后我们会用到）。
系统启动图形安装界面。为了将来的操作中不出现奇怪的字符（貌似有些工具对中文支持不好），我们选择English界面（做Bioinformatics就不要怕English啦）。点击“Continue”。
向下滑动鼠标滚轮，找到“NETWORK & HOST NAME”，我们先来设置网络。
点击红色框里面的按钮，使选项变成蓝色“ON”，系统会自动检测你主机（就是你的电脑）的网络设置，并自动配置虚拟机网络。点击“Done”完成并返回。如果不能自动配置，你需要…………最好换台电脑（不兼容的网卡设置起来太麻烦了）。
下面设置日期和时间，点击“DATE & TIME”。
设置合适的弟弟去和时区。网络时间默认为“ON”，表示系统会自动和时间服务器同步。如果之前没有设置网络，则这一项为“OFF”。点击“Done”完成并返回。
下面选择需要安装的软件。默认为安装最小系统。最小系统没有图形界面，不方便使用，所以我们更改为安装开发工作站。点击“SOFTWARE SELECTION”，选择左边最后一项“Development and Creative Workstation”，在右边选择“Additional Development”，“Development Tools”，“Platform Development”这几项。其他的工具我们将在需要时手动安装。点击“Done”完成并返回。
点击“INSTALLATION DESTINATION”。这一项现在有红色的提示，“Begin Installation”是灰色的，不完成这一项设置不能继续安装。
我们只需要点进去，不需要做任何修改，然后点击“Done”完成并返回。这时，“Begin Installation”按钮被激活，可以开始安装。在系统安装时，我们可以给超级用户root设置密码，并创建普通用户。
分别点击“ROOT PASSWORD”和“USER CREATION”完成相应设置。
给超级用户root设置密码，一定要牢记这个密码。
创建普通用户时，勾选“Make this user administrator”，这会允许普通用户使用sudo命令来安装系统工具和修改系统设置（在后面的操作中，我们将几乎不会使用root用户，因为这太危险了）。点击“Done”完成并返回。这时候你可以干点别的，系统正在努力的安装需要的软件包。安装完成，点击“Reboot”重新启动虚拟机（不是你的电脑）。虚拟机重启之后会出现GRUB选单，里面有2个选项，你有5秒时间进行选择。我们选第1项（或者等5秒就行了）。第2项相当于“安全模式”。
还差最后一步，同意许可协议。
点击“LICENSING”。
勾选“I accept the license agreement.”（不然就白忙活了）。按“Done”，按“FINISH CONFIGURATION”。
点击你的用户，输入密码，点击“Sign in”。
首次运行，需要选择系统语言。还是那句话，为了避免麻烦，选English。然后一路“Next”或者“Skip”。最后，恭喜你，终于完成了。
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5分钟就说完的事儿，我打字截图用了1个半小时。累啊~~
