实时定量pcr中的internal是怎么回事

各位大牛，最近准备做血清样本中病毒的实时定量PCR，有别人给的实验方法和引物，但是发现protocol中，要检测同一个病毒序列上的不同区的两个片段，分别是FAM-TAMRA 和VIC-TAMRA 两条标记的探针。问了以前做定量PCR的人，说是internal对照。

问题1：始终不明白检测一条就可以证明该种病毒了啊，为什么要检测两条片段？

问题2：两条片段该用那一条算作是定量计算呢？

相关于internal的这个问题，看到一篇文献中在试验方法中是这样写的：

For the HDV internal control, a partial HDV sequence was internally modified and amplified by use of qRT-PCR to produce synthetic DNA, and the product was subcloned. For detection of the internal control, the probe was 5'-HEX– GCGATGGTGACTTTGTGGATAGTATCCTCA-3'-TAMRA. For the positive control for HDV, a region corresponding to nt 883–1265 was amplified, subcloned, and purified.

请问，这个文章中的internal control 又是什么意思，是要clone 制备标准品么？在同一个反应管中也要检测两个片段么？

还有一个问题，我做了几次实验，发现，目的片段，含量极低，第40个循环的时候曲线才刚刚抬头，我把循环数增加到55，才能看到完整的曲线，同时设有阴性对照和阳性对照，阴性对照什么都没有，想问一下，这样直接增加循环数，看到在40个循环看到起峰，目的片段，算是阳性么？

谢谢。