【求助】用cDNA序列引物扩增基因组序列的困惑。

大家好，请教一下：
我从我的植物的cDNA中用RACE PCR 的方法找到了一个基因的全长，然后用得到的序列设计两端的引物扩增除了该基因的cDNA全长。现在我想用这对引物以基因组DNA为模板扩增出该基因在基因组内的序列，但是重复了几次后都一个带都没有，每次我用的都是试剂盒里面带的水，premix，基因组DNA是用CTAB 的方法提取的，之后用DW+RNase来溶解，在PCR体系中分别用原浓度和稀释了10倍， 30倍，50倍的稀释液作为模板。而之前我用这对引物在这个PCR条件下，以该基因转基因拟南芥的基因组ＤＮＡ为模板的时候扩增到了目的片段。
我想问的是：既然这对引物在这个条件下可以从cDNA和拟南芥基因组DNA中扩增出目的条带，那就说明这个PCR反应体系是没有什么问题的，因为基因组中的序列长度比cDNA长约1Kb，所以我把延伸时间从两分钟延长到了2分半，那样的话也应该够用了吧？该植物的基因组DNA我也跑了电泳，质量不错，那为什么把原植物的基因组DNA稀释不同倍后作为模板就扩增不出条带来呢！？用该基因ＯＲＦ两端的引物来扩增，即使是基因组DNA也应该是有条带的啊，可为什么就是没有呢？原因是因为我这个基因在原植物基因组中的丰度太低吗？如果是这样的话，该如何解决呢？增加引物浓度？增加底物浓度？