【交流】大家做连接时有没有碰到这个问题

最近在做胶回收时，遇到这个问题：
我酶切时片断是准确的，比如说 载体大片断是5kb，插入小片断是1kb，但当我胶回收之后（我用的是OMEGA胶回收试剂盒），我想在连接之前跑胶看看我片段的亮度，结果发现，我的两个片断都变大了，小片断1kb变成1300，大片段5kb变成6kb。 但是我做的连接并不受影响，连接产物也能长出克隆，可是我挑的克隆酶切后，小片断还是在1300 ，回不到1kb去了。分析原因：
是不是电泳时加入的燃料嵌和入DNA中，导致质粒DNA刚性变强，以至再次电泳时变慢，但是一般的胶回收试剂盒是可以去掉燃料的呀（我用的是Sybergreen染的），后来我又用了Qiagen的胶回收试剂盒，还是一样的结果。

不知道各位战友有没有碰到过类似的情况，大家帮我分析一下吧