大师兄带你学生信—系列#1 R语言与R studio轻松入门

答园友@leilei-xu    问，能否开一期生信帖？

因生信分析涉及内容比较庞杂，非一篇内容能够说的清楚明白，而且需要具有一定基础，大师兄特开此系列，从基础讲起，后续也择期不断更新~

本帖内容主要分享R语言与R studio基础知识，帮助有需要的园友轻松入门生信。

一、安装位置

一般安装在D盘，R是RStudio的基础，必须先安装R，再安装R Studio。

注意：操作是在R Studio中调用R进行，而非直接在R操作。

二、R安装

1. 登录R官方网站（ https://www.r-project.org/ ）
2. 点击左上角Download下的CRAN
3. 向下拉找到China，选择一个镜像点击进入
4. 在 Download and Install R 下，选择对应的版本。如果电脑系统是Windows，选择第三个Download R for Windows下载。
5. 点击base
6. 点击链接Previous releases
7. 点击链接R 4.1.3，为了防止有些r包对最新版的R不兼容问题，所以友友们不要选择太旧或者太新的版本；
8. 点击链接Download R 4.1.3 for Windows
9. 下载好了之后双击4.1.3.exe文件，然后安装选择语言时一定要选英文。
10. 路径的选择一定要注意，不要安装在有中文名字的路径下

三、R Studio安装

1. 打开RStudio官网( https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/)
2. 点击Free下的Download
3. 点击Windows 10/8/7对应的RStudio-1.3.1093.exe
4. 双击RStudio-1.3.1093.exe，设置自己熟悉的安装路径。
5. 打开rstudio点击第一栏中的tools
6. 点击tools下面中的global options
7. 点击appearance设置外观皮肤，在editor theme中设置，当然也可以点击size设置代码字体大小

四、R包安装

基本操作

首先在R Studio中 Ctrl+shift+N快捷键新建一个 R script，后续代码在该R script中输入，然后鼠标光标定位到输入的代码行，点击Run运行即可。

1.首先看R包是否之前已经安装过

library(GEOquery) #如没有报错，则是已经安装过该包

2.如没有安装过，首先Google一下，这个R包是在CRAN还是在Bioconducter;

3.CRAN的R包安装

install.packages('GEOquery') #以GEOquery包为例

4. Bioconducter的R包安装

library(BiocManager)

BiocManager::install('GEOquery') #以安装GEOquery包为例

5.安装完成后，看是否安装成功。

library(GEOquery)

五、常用快捷键

Ctrl+shift+N:新建一个 R script；

Alt+ —：赋值符号

六、运行代码【每次打开都要运行，重置环境】

Sys.setenv(LANGUAGE='en')#设置报错为英文，便于debug

options(stringsAsFactors = F)

rm(list =Is())

七、设置工作路径

工作路径即R读取文件和写入文件的文件夹所在电脑中的物理位置。

工作路径查找方式：在目标文件夹鼠标右击，点击属性，即可找到该文件夹路径，复制后利用setwd()函数设置为工作路径，注意需要修改路径中反斜杠为斜杠

setwd("C:/Users/***/Desktop") #设置工作路径

R语言入门参考书籍推荐：R语言实战 （R in action）