纯生信 铁死亡好思路

看完文献还是没有思路？你需要的不仅仅是看

不管你从事什么方向的科学研究，科研论文总是你无法抛弃的忠实伴侣。从你我刚开启研究生生涯的时候便算作初窥科研的大门，而这个时候，无论你愿不愿意，阅读文献都是必修课。从最开始一个字一个字啃文献，到慢慢学习别人优秀的阅读技巧，再到自己总结如何阅读文献并获取自己需要的信息，最后为自己的科研添砖加瓦，是一个非常痛苦，却又非常具有收获满足感的过程。今天，小编跟大家分享最近看到的几篇文章，以及如何通过这几篇文章最后整理一个分析思路。

文献1：

抗肿瘤免疫的铁死亡，坏死性凋亡，细胞焦亡

文献2： 

CD8+T细胞在肿瘤免疫治疗中调节肿瘤铁死亡

文献3：

癌症铁死亡异常及功能影响的系统分析

三篇文章分别发表在Journal of Hematology & Oncology（IF：11.059），NATURE（IF：42.778）和iScience（IF：4.447）。

当你想要知道某个领域的研究近况，那么找一篇review准是没错的。所以小编先看了第一篇综述。

首先，对铁死亡有了更好的了解，铁死亡作为一种调控细胞死亡的新形势，其特征是脂质ROS的铁依赖性积累达到致死水平。而铁死亡的敏感性由许多必须分子决定，例如ACSL4。当然，这里得到了最重要的信息：很少有研究报道铁死亡与抗肿瘤免疫力之间的关系，直到有科研人员发现了铁死亡与抗肿瘤免疫力之间联系的直接证据，报道CD8 + T细胞在体内诱导肿瘤细胞的铁死亡（图1）。

图1.铁死亡和细胞焦亡以及肿瘤免疫力之间的串扰

到这里，这篇综述小编就扔一边了，因为小编顺着得到的信息，跳跃到了另一篇文章。

第二篇Nature文章，通过实验（图2），作者发现胱氨酸酶在HT-1080中诱导了细胞死亡，该死亡受到三种铁死亡抑制剂阻断。此外，作者还发现不同阻断剂治疗小鼠中CD8+和CD4+T细胞比列更高。

图2. 胱氨酸酶和PD-L1阻滞协同诱导铁死亡

图3.系统xc表达与免疫特征和患者预后相关

从这篇文章，小编了解了铁死亡与CD8+T细胞的密切联系，不禁开始摩拳擦掌准备开始大干一场了。不过在此之前，小编去搜了下最近的铁死亡相关文章，找到了一篇衡量铁死亡的方法类文章也就是第三篇。

这篇文章2020年七月份发表，开发了一个计算模型来衡量患者铁死亡水平ferroptosis potential index (FPI)。下两图可以看出FPI与患者预后相关。至此，小编新思路所需信息和工具齐活了。

图4. 铁死亡与信号通路和免疫表型之间的关系

图5.FPI生存分析

总结

从一篇近期的综述开始，到另一篇高水平的湿实验文章，最后到一篇算法类文章，其实可以获取很多有用的信息。我们阅读完文献之后，很重要的一点就是需要去总结和整理自己能用到的东西。小编可以分享给大家的是，三篇文章看完，我总结的重要信息是铁死亡、CD8+T细胞、衡量铁死亡水平的算法。因此，基于三篇文章科研工作者的研究成果，小编绞尽脑汁、大胆构思、使尽了吃奶的力气整理出了铁死亡+CD8+免疫浸润细胞的思路，让我们来看看有啥主要内容吧。

以下是主要步骤

一、 免疫细胞浸润程度

二、 铁死亡水平计算模型

三、 FPI与驱动基因

四、 预后分析

五、 亚型分析