水稻原生质体核蛋白提取

用水稻原生质体做co-ip，是个核蛋白，转带GFP标签的质粒，荧光显微镜下看到核里荧光很强，提完蛋白离心取上清，western检测不到，最后发现都在沉淀里了。显微镜下看沉淀物，也是有很多的荧光。是蛋白不溶，还是核膜没有破开，求大神帮忙，谢谢。