lncRNA设计引物,RT, qPCR相关问题。
本人最近通过高通量测序,筛选出了一些差异性lncRNA。可是遇到一些问题,请大家帮忙分析解决一下:
1. lncRNA设计引物时是否根据公司给的序列直接设计即可?因为lncRNA有异构体,怎样找到该lncRNA的异构体?设计引物是否应该选取该异构体共同的部分进行设计?
2.本人想用原来拿去测序的标本进行验证,但是原测序标本加trizol放至在负80度,现在提RNA基本降解,是否可以换取新的标本再做验证?
3.提取标本中RNA中DNA污染严重,大家都是怎么处理的?我看网上说DNaseI,过柱,螯合剂对RNA均有降解,请问大家用什么方法,什么条件去除RNA中DNA污染?提RNA什么样的质量做逆转录没有问题?
4.DNA污染去除不了,lncRNA引物又不能设计成跨外显子,怎样在做qRT-PCR时排除DNA污染对结果的干扰?
5.qRT-PCR时,人的标本大家都选什么做内参。
6.大家有什么推荐的预测lncRNA及其靶基因mRNA、microRNA的网站吗?
急盼大家回复,小女子感激不尽,谢谢。