分子克隆辅助软件Vector NTI使用教程
NTI是一款广泛使用、并且有着很长历史的分子克隆辅助软件，进行引物设计，序列查找，序列比对都是非常好用的软件。目前已经更新到了11.5.3版本，如今出了很多其它的分子克隆辅助软件但它还是有自己的独特优势，这种优势是基于它设计的独特算法，后续会出一篇与snapgene算法比较帖，方便大家理解。
网上有很多破解版，需要按说明进行安装，文后也会附上我收藏的版本。本文是基于Vector NTI10.3版本进行入门使用说明，其它进一步使用后续会以补充形式慢慢添加，探讨者请私聊！
一、Vector NTI进行引物设计
- 打开vector NTI
在出现的软件页面，点击“Flie”→“Create New Sequence”→“Using Sequence Editor(DNA/RNA)”；
在新弹出的窗口中，点击“确定”，跳出没有序列不能保存的提示，直接“OK”，又跳出一个新的提示直接“YES”。（美国软件，就像游戏一样很多提示和故事背景，一直跳过就好了）
- 粘贴序列
此时新跳出一个窗口，点击“Edit sequence”，跳出一个新的窗口，点“paste”将剪切板上的序列粘贴进去，再点“OK”，回到页面之后“确定”就算是把序列放上来了。
！！！注意：从NCBI、Uniprot、Genecard和KEGG直接保存为gb等等格式的文件，直接选择序列文件，用NTI打开文件就OK。
- 页面介绍以及引物设计流程
- 首先观察“序列图像信息”，观察目标序列存在的酶切位点，避免引物两端添加的酶切位点，存在于目标序列之中；
- 将光标移到碱基显示区，选择你要扩增目的序列的大小，如果是全长“Ctrl+A”，然后选择“Primer Design”→“Find PCR Primer Inside Selection”；
- 跳出引物参数设置窗口，修改参数，添加酶切位点和保护碱基，如需要还可以添加标签；
- 选择酶切位点，然后“确定”；
- 系统已经将设计的碱基顺序影响因素计算进去，我们只需要选择合适的Tm和GC含量即可。返回选框，添加保护碱基（也可以导出后再添加）；
- 设计好的引物序列导出；
二、NTI查找--短序列
NTI短序列查找：按照引物设计方法将序列复制到页面上，用于引物位置确认、序列位点查找、可变区查找、定点突变区查找等。
按照上述操作演示，一步步进行，找到一段后可进行颜色标记，然后“Find Next”查找下一处。
三、NTI比对--长序列
- NTI比对功能常用于同源性比对、测序结果比对、进化树的分析等，长序列比对与上面两个功能页面不一致，要通过菜单里的“Align”或者电脑系统应用中找到“Align”打开。
- 打开后页面如下↓
- 序列导入
- 执行比对命令
Vector NTI一直在更新换代，然而只是增加一些功能，比如，新增加NCBI查询，无缝克隆引物设计，但基本操作不变，对比其它引物设计软件稍显繁琐和笨重，然而其独特的算法其它软件是无法替代得，我时不时还是得用它。不知各位老师们，你们现在都用什么进行引物设计和序列比对了呢？
