【求助】microRNA 定量PCR 内参的选择及其引物设计
1)内参怎么选,天gen的客服说是用5s,但是她们不跟我说引物序列,我自己设计引物,找不到5s的序列,所以决定用U6。因为这个盒子是提取小分子RNA后加尾反转录的,所以我想请教下,设计U6的引物,是要根据序列设计出上下游引物呢?还是跟目的miR一样,只设计上游引物,下游引物用盒子里带的那个(这个试剂盒中带有一个跟反转录引物互补的引物,但是她们不提供序列,只是说明这个引物tm值65度。)??(理论上说U6应该也是被加上poly A尾巴的,所以不知道设计U6 PCR引物的时候应该怎么选择好点,请有经验的老师们指点下!!)另外,5s的序列到哪里去查啊。
NCBI上查的人的U6序列
1 gtgctcgctt cggcagcaca tatactaaaa ttggaacgat acagagaaga ttagcatggc
61 ccctgcgcaa ggatgacacg caaattcgtg aagcgttcca tatttt