[zt软件]用PathwayAsist去建立所需的信号通路

zt from sharpstone！

如何用PathwayAsist去建立自己所需的信号通路
PathwayAsist (PA) 已经出炉一段时间了，尽管老B已经为大家杀开了条血路，但冲出来的人还不是太多。或许本坛里没有多少兄弟做信号通路。前几天接到几个兄弟的PM，希望我能给大家介绍一些PA的使用。我只好鼓足勇气，来个抛砖引玉，希望大家多讨论。
PA的主要功能有两个 1)画出自己已有的信号通路， 2)通过网上数据的发现建立信号通路的数据库， 然后在从这个数据库里找到自己感兴趣的信号分子而且建立每个信号分子的文献库。
我只介绍第二个功能 (以TRAIL为例)：
打开PA后从TOOLS，找到"Extract Pathway with MedScan.."进入MEDSCAN界面，给所要建立的信号通路数据库起个名字 (TRY)，然后输入和TRAIL有关的信号通路中的分子。然后“START”。等搜寻完毕后，CLOSE。

此主题相关图片如下：

这时你可以在左栏的数据库里看到“TRAIL”，双击“TRAIL”后进入下边这个Window. 它包括连接好的信号分子 (右侧)，以及信号分子的属性分类 (左侧)。

此主题相关图片如下：

这个图让不少人高兴，因为软件居然找到了这么多东西；但它也让人头痛，因为这么多东西又不知道该怎么做下去。这时可以用PA的过滤功能找出自己最需要的信号分子：
要过滤，第一步要先选择自己感兴趣的分子(至少两个)，比如我们选择的用蓝色表记。然后从‘TOOLS’里找到“BUILD PATHWAY”。在这个WINDOW里，有许多选择，还可以进一步用“set filter"去精选。然后”Start". 等到筛选结束。

此主题相关图片如下：

完成后， “OK”， 又回到原来的WINDOW。注意，此时千万不用鼠标点击此WINDOW，因为PA已经把你刚才选择的信号分子“选择标记”了。使用“COPY”功能
然后从“DATABASE”，建立“NEW PATHWAY”， “PASTE”刚才所选的信号分子即可。

此主题相关图片如下：

每个信号分子极其连接点的意义可以由双击后跳出的窗口得知：

此主题相关图片如下：

此跳出的窗口有何许多网上的Databases相连，点击即可直接进入。
可以看出， PA是个很好的将相关分子及网上数据库连接起来的软件。对我们做信号通路或者已经分子之间相互作用的工具。