【求助】超滤后出现的神奇的电泳结果

我的样品经过5KD的滤膜超滤后，上清液和滤液都跑了tricien-SDS-PAGE，发现上清液条带很模糊，滤液条带很清晰，但神奇的是，滤液理论上来说，应该是样品中分子量小于5KD的那部份，但条带的位置，居然在分离胶的上半部分，而上清液的条带位置反而靠下，也就是说，滤液中的蛋白分子量比上清液中的分子量大？？！！
电泳条件：分离胶12％，浓缩胶4％，80V恒压电泳。
对了，样品之前经过酶解，用NaOH调过pH值，所以滤液中应该有一定量的NaOH，应该说，浓度也不低。
大家救救我吧～～