启动子区域转录因子结合位点预测（ARE顺式作用元件预测）

为什么要预测结合位点，很多课题项目实验涉及到转录因子，转录因子调控下游基因往往是在细胞核里结合到下游基因的启动子区域进行调控，这个结合区域称为ARE(顺式作用元件)而这个结合位点除了自己做chip-seq等实验验证，还可以通过网站预测。可以结合2021-12-10帖子进行交叉学习。

JASPAR数据库是一个简约的、目的性明确的数据库，这些库存信息文件来自已发表的真核生物转录因子结合位点的集合，可以说其是转录因子结合谱数据库。数据库简单实用，但还得用到的同学能感受到。话不多说，需要学习的直接看后续步骤吧 ↓↓↓

1.首先网页搜索“jaspar数据库”打开如下页面↓。

2.在页面搜索框中输入转录因子名称，如“NRF2”,但因出来的基因可能会很多，毕竟同名不同物种的基因太多了。所以直接先输入homo sapiens或者点绿色示例框。↓

3.点击搜索后后，出来页面。找到我们的基因名称，在点击进去。↓

4.进去之后就会看到，红色大框是位点图例，经常读文献的伙伴应该看到过，红色小框是结合位点的全部文件。↓

5.点击红色小框。出现如下界面就是找到的ARE位点。↓

！！！将这些结合的保守位点与目的基因启动子区域-5000-0片段比对，如果出现保守位点，那么这个转录因子极有可能调控这个目的基因。接下就围绕这个位点设计探针做EMSA以及设计片段构建报告载体。

2022-4-22 补充：

EMSA的实验中为了证明结合序列是特异的，通常需要设计一个不能结合转录因子的突变探针

那么如何根据探针设计突变探针呢？

根据jaspar里的sequence logo，如上，从logo中可以看出保守位2,4,9,10为保守不可变碱基，我们将其中两到三个不可变碱基突变即可。