R包安装

R包三种下载方式

首先根据r包存储的地方，就可以分为三种下载方式

• CRAN
• bioconductor
• GitHub

bioconductor一般都是生物信息方面的R包。github是代码的托管平台，很多软件，多种语言的程序包也都在这里发布。

CRAN

CRAN里的r包下载代码：

install.packages("R包名称")​

example：

install.packages("dyplr")

这种方法只能够下载cran里的r包，如果r包在github或bioconductor上,用这个方法就下载不了。

在安装cran包时，有时会报错，大多数时网络链接问题，所以更改镜像(一种文件存储形式，一个磁盘上的文件副本存放在另一个磁盘上，是冗余的一种类型)，也就是说cran在全球的各地都设置了镜像网站可以解决跨地区网络的问题。install.packages() 这个命令使用的默认的下载地址，也就是cran官网。

更改镜像：​

options(repos = c(CRAN = " https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ "))

options(BioC_mirror = " https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor ")

前一个命令是更改cran镜像，后一个则是更改bioconductor的镜像。遇到安装cran包报错时，首先应该想到是镜像问题

bioconductor

在biocondcutor上的r包需要先下载BiocManager包，然后使用BiocManager::install()

下载bioconductor上的r包​

install.packages("BiocManager") ##先安装BiocManager包，可以去bioconductor官网看

library(BiocManager) ##加载BiocManager

BiocManager::install("bioconductor包名称") ##开始安装bioconductor上的包

这种安装方法也需要更改镜像。

GitHub

这种方法也需要先安装devtools包，进而安装GitHub中的r包

下载GitHub上的r包

install.packages("devtools") ##先安装devtools包

library(devtools) ##加载devtolls包

install_github("yulab-smu/yulab.utils") ##安装的是github上Y叔的包

1. R包安装时有时会因为不存在依赖包或依赖包安装失败而导致需要的R包安装失败。此时，就需要在报错信息中，找到依赖包，根据报错信息先安装依赖包，再安装需要安的r包。一般这种r命令安装方式就会先安装依赖包。
2. 还有一种错误，是因为需要安装rtools。
3. https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/history.html

这是各个版本的rtools下载地址。安装时，一定要勾选添加rtools到环境变量。

如果还是安装失败的话，可以去需要R包所在的网址，下载压缩包。采用本地安装方式，把这个包放在可绝对读取且不含中文字符的路径，例如从bioconductor下载安装limma包

install.packages("C/Downloads/limma_3.48.3.tar.gz", repos = NULL, type="source")

或者用rstudio上的tools的install package。不过，从本地安装包的方法不会自动安装依赖包。所以启用包的话，如果还有其他依赖包没安装时，就会失败。