转录组+代谢组专题（九） | 手把手教你如何上传转录组数据至NCBI

导语

转录组原始数据的上传是进行转录组+代谢组文章投稿过程中的必不可少的一步。转录组数据最常见的上传数据库是NCBI的SRA数据库。下面是一篇纯干货，教大家如果上传转录组数据至SRA数据库。

SRA 数据上传包括几个平台，即：Bioproject,Experiment,Biosample,run。

每个平台具体的含义是：

• Bioproject—SRA study: 研究目的-为什么要对样品进行测序；Biosample—SRA sample：用于测序的样品的具体描述性信息。SRA Experiment:具体测序是如何进行的，包括测序类型，机器型号，测序策略等信息。SRA run:数据上传。

例如一次测序中包括 5 个样本，则上传时包括 1 个 Experiment，1 个 Project，5 个 Biosample,5 个 run。所以上传数据包括几个内容的创建，而 Biosample 和 Bioproject 的创建是可以独立出来的。

一、账号注册

网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/

点击如下图所示的“Register for a NCBI account”部分，并进入到注册页面。如果已在 NCBI 有用户名和密码，可以跳过此环节。

*按照提示注册，需要去注册邮箱完成验证，再登录

二、Bioproject 的创建

1.点击链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/submit/，进入以下页面

2.点击 check the Status of Your Submissions，进入以下页面

3.点击 BioProject,进入以下页面

4.点击 New submission，填写其中的基本信息，填写内容真实，填写完成后点击continue。*号必填

5.进入以下页面，需要填写两个信息，1）测序数据类型，以转录组为例；2）单一物种还是多物种，以多物种为例，填写完成后点击continue。

6.进入以下页面，需要填写物种信息，填写完成后，点击Continue。

7.进入以下页面，需要填写三部分内容：1）数据即刻公开还是选择在特定时间公开。两个可以随机选择；2）Project title，这个系统自动匹配；3） Public description，公共描述，对上传的数据研究目的做一简单描述。填写完成之后，点击Continue。

8.这里需要填写样本信息，需要重新新建一个BioSample,此页面暂时保留。

三、新建BioSample

网址：点击https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/

1.点击 BioSample。

2.进入以下页面，点击 New submission。

3.进入以下页面，之前建BioProject的时候填过了，这里会自动补充。可以点击Continue。

4.进入以下页面。填写数据公开或者保密时间，可以选择与BioProject相同，即刻公开或者延迟几个月，填写完成后，点击continue。

4.进入以下页面。填写数据公开或者保密时间，可以选择与BioProject相同，即刻公开或者延迟几个月，填写完成后，点击continue。

5.进入以下页面，选择样本类型，植物还是动物，人，这里以植物为例，点击Continue。

6.进入以下页面，需要填写样本信息，点击Download Excel，下载需要填写的样本表格。

7.开始填写表格，绿颜色为必填，黄颜色为选填，蓝颜色为至少填写一个。

保证后面的描述是每个样本具有特异性，否则会一直上传失败。

8.将填好的样本信息表上传至下面红框里，点击Continue。

9.到达这步后，点击，Submit即可上传完成。

10.返回到刚开始的BioProject页面

填写Sample样本信息，将BioSample里的NCBI赋予每个样本的编号输入进去。点击Continue

11.在这个页面下，可以直接点击Continue。

12.进入如下页面，可直接点击submit。

13.进入如下页面，等待片刻，即可上传完成。

上传成功后，红框处会有一个NCBI提供的BioProject的编号，记住编号，后面会用。

四、上传SRA数据

1.点击链接，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/，进入SRA数据上传网站。

进入网站后，点击第二个NCBI PDA选项

2.进入如下页面后，点击 Create new submission。

3.进入如下页面，点击new submission。

4.填写一些基本信息，这些之前已经填过了，所以这里系统会默认填充。点击Continue。

5.进入如下页面，需要填写三个内容。

1）是否建了一个BioProject项目，点击yes，输入上面提供的BioProject编号

2）是否建了一个BioSample项目，点击yes

3）数据是否公开，可跟前面保持一致。

填写完成后，点击Continue。

6.进入如下页面后，点击 Upload a file using Excel or text format (tab-delimited)，点击Download excel，下载上传需要的sra表格。

7.填写下载的表格。

第一列是之前BioSample给的每个样本的编号，第二列是文库ID，变黄的可以在下拉里选择。

8.填写完表格后，点击选择文件将表格上传,后点击Continue。

9.进入以下页面，选择FTP上传，下载filezilla软件，按照第二个红框里给定内容，填写地址，账号，密码，输入文件夹信息，见第二张图，标红框处必填，否则无法登陆。

登录成功后，将测序原始数据拖到右面空白处，进行上传。可在下面框框里查看上传进展，等待数据完全上传成功。

10.数据上传成功后，返回刚刚的网页界面。

点击Select preload folder,会出现以下界面，点击refresh folders，系统会自动选中刚刚上传的数据，点击Use selected folder，会返回刚刚的界面，点击Continue，显示数据上传中，等待数据上传完毕，点击Continue。

以上就SRA数据上传的所有教程了

有需要的小伙伴们可以收藏备用哦。