如何验证小分子抑制剂是通过某靶点起作用

本人主要在做小分子寻靶的工作，据我所知，要确定某蛋白是一个小分子的靶点，主要要证明两方面：一是小分子和蛋白有直接的相互作用（证明结合）；二是该蛋白在小分子影响表型时不可或缺（证明功能）。现在，我已经通过DARTS、MST、SPR等手段证明了小分子和蛋白有结合，接下来要做功能验证。我看到的文章里一般都是将靶点敲除，然后用小分子处理发现小分子不起作用了，以此证明小分子依靠该靶点发挥作用。

我现在有的疑问就是：如果小分子是通过抑制该靶点的功能发挥效果，那敲除了该靶点不是应该起到和抑制相同的作用吗？为什么敲除了靶点反而表型不改变了？

请各位老师、大神们帮我解答疑惑，万分感谢！