医生的科研之路，生信论文 33

生信论文的套路

1. ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；
2. 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要；
3. Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；
4. cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）；
5. STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）。

第33篇生信文章的分享。

这篇论文是生信技能+湿实验验证的套路，湿实验既有细胞水平的WB、MTT和CFU，也有动物实验，是生信技能和湿实验的深度结合。文章题目的标黄为表型。

下面是文献的摘要。背景，方法，结果，结论和关键词，具体根据杂志的要求而定。背景一般是介绍疾病的现状，引出并提出科学问题，最后给出解决的途径，也就是自己的研究怎么解决问题的。

首先是单纯用oncomine数据库阐明基因的差异表达，属于散点图。

湿实验验证，最好是转录水平和蛋白水平都做验证，PCR和IHC都是常规实验。当然前提是有自己的样本，没有自己的样本，可以寻求合作或者从第三方购买，或者就不用自己的样本验证，也是可以的。这里，作者用细胞系做转录和蛋白水平的验证，是做验证的模板，值得借鉴！

临床意义包括存活率和肿瘤分期的相关性，这里呈现的比较简单。

临床特征和相关性的三线图，属于meta分析，比较简单。

论文最出彩的地方在最后一张图，从细胞（体外）和动物（体内）做Loss-of-function，验证该基因差异表达的重要性，是湿实验中分量很重的部分。但是，对于生信新手或者科研新手来说，这个有点点难度，但是思路很不错。

整体来说，论文思路清楚，湿实验验证也很充分，但是论文影响因子1.5左右。个人认为，作者的生信分析不够丰富，使得文章的丰富度不够；而蛋白互作和富集分析等机制探究缺乏，使得文章深度不够。这或许是影响论文层次的因素吧。因此，即使是发表湿实验论文，生信技能也可以给与很大地助力。学习生信技能，时不我待！