关于质谱数据的生信分析疑问

大家好，我从蛋白质组学公共数据库里下载了一份质谱数据，包括原始二进制文件（.raw），mascot搜库前的峰值列表文件（.mgf），想模仿原文献进行质谱数据的生信分析。

疑问一： 原文献中先进行了本地mascot软件的搜库处理，我在网上在线进行搜库的时候可变修饰没有从天冬酰胺到天冬氨酸的脱酰基修饰，是不是就不能在网上分析了？我该怎么办？

疑问二：原文献中在mascot中进行了搜库，同时又在Uniport KB上进行了同等序列的反向搜索，这个操作咋进行的？在线mascot网站上没有Uniport KB数据库啊也，而且我就有可以进行搜库的mgf文件，也没别的文件了。

疑问三：原文献中是通过俩软件对原始质谱数据进行了处理，咋处理的我也不知道，我也不知道我可以用什么软件进行处理，免费的那种，有什么推荐的吗？

疑问四：文献中处理完原始质谱数据后，导入搜库，然后进行非标准化强度处理，又进行标准化处理，再用各种软件主成分分析，t检验，层次聚类。这些我都没接触过，我想用R语言的Bioconductor包进行原始数据的处理，请问大家有做过相关的分析吗？能教教我吗？光看网上的Bioconductor包的各种包的HTML看不懂也，我也刚开始用R语言，啥也不会。