【转录组测序】参考基因组注释文件--白色念珠菌SC5314

#20190320 zhangj

题记：由于Candida albicans SC5314，白色念珠菌SC5314参考基因组21和22不同，22使用的是双倍提参考基因组，老师说这样在后续比对的时候一个基因会被比对到两个等位基因上，对后面基因的定量以及后续分析会产生很大的影响，因此他要使用21版本的参考基因组。

21版本的如下：使用的是单倍体，下载连接http://www.candidagenome.org/download/sequence/C_albicans_SC5314/Assembly21/current/

22版本的如下：使用的是双倍体，下载连接http://www.candidagenome.org/download/sequence/C_albicans_SC5314/Assembly22/current/

gff和gtf文件下载：http://www.candidagenome.org/download/gff/C_albicans_SC5314/Assembly21/

mv C_albicans_SC5314_A21_current_chromosomes.fasta Candida_albicans_SC5314.Assembly21.genome.fa

1，建索引

1.1 samtools faidx Candida_albicans_SC5314.Assembly21.genome.fa

1.2 bowtie-build Candida_albicans_SC5314.Assembly21.genome.fa Candida_albicans_SC5314.Assembly21.genome.fa

1.3  bowtie2-build Candida_albicans_SC5314.Assembly21.genome.fa Candida_albicans_SC5314.Assembly21.genome

1.4 hisat/2.0.4/hisat2-build Candida_albicans_SC5314.Assembly21.genome.fa Candida_albicans_SC5314.Assembly21.genome