SnapGene测序图文教程

首先需要下载软件（见附件），

01

创建DNA文件

可以点击New DNA File输入自己从数据库上下载的序列，或测序得到的系列，对于质粒，Topology选择circular（环形），

勾选Detect common features，将一些质粒共有的常见的特征加入其中，也可以输入蛋白序列(New Protein File)，或是点击Import from Genebank，输入NCBI中某序列的access number，点击OK。以NCBI上大肠杆菌为例，输入NC_000913，便可以得到细菌的完成图，此时弹出如下窗口：

图1

从该图可以看到细菌的基因组大小为4,641,652bp,即4.6Mb左右，通过该图，直观的给我们展示了细菌基因组大小

02

软件界面窗口介绍

以图1窗口为例，左下角视窗放大如下

图1是在map视窗下的显示界面，选择sequence视窗，可以得到详细的碱基序列信息，结果如下

图2

前面讲到对于质粒，选择环状，勾选Detect common features，一些质粒共有的常见特征会在软件中展示出来，图2导入NCBI中细菌基因组数据后，细菌基因组中常见的特征也展示出来了，从图中可以直观的看到红紫色标签就是该菌编码的一个蛋白序列，从起始密码子到终止密码子。

 选择Enzymes,可以看到该菌含有的所有酶切位点，该图中没有限制性酶切位点，都是多酶切位点(红色箭头标出)

图3

选择Features,细菌基因组上所有特征信息都被标示出来，有物种信息，基因信息，转录本信息，转录本编码的蛋白序列信息等，大家可以多去探索一下软件的其他功能，结果展示如下：

图4

图4中有9900个特征被展示出来，由于版面有限，只展示部分结果

03

设计PCR产物

用图1中结果说明软件左侧工具区功能，为了能够更好的看到引物设计序列，可以选择

关闭Features显示(红色箭头所示按钮)，结果如图5：

图5

在目的基因上下游截取15-30bp序列，点击Primers→Add primers，给该引物命名，未命名就会以Primer 1显示，选择正向引物还是反向引物，也可以在引物前加入酶切位点，点击Insertion，在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列，如图选择了AanI，点击Insert即可完成（必要时需要加保护碱基），还可以在引物上添加多肽标签，如6×His等。最后点击add primer to template，即可完成引物设计与添加，结果如图6所示：

图6

SnapGene还有引物设计功能，但是相比Primer Primer 5可能会差点，这里做个简单介绍，选取要PCR的DNA片段，比如PCR片段长度550bp，选择550bp长度后，点击Actions→PCR，弹出选择退火温度，这里我选择60℃，软件会自动给你生成正向和反向引物，然后对引物重新命名，结果如图7：

图7

04

序列比对

SnapGene具有序列比对的功能。当拿到测序结果后，我们需要比对检测我们建立的克隆是否序列正确或确定基因敲除结果突变类型。如下图所示，先在SnapGene中打开参考序列或目的基因序列，然后选择View → Show Alignments或者点击图1左边菜单, 

再选取测序文件，即可得到序列比对图，下图是小编做Crispr-Cas9基因敲除后一代测序结果比对:

图8

比对结果显示15-3.2-11,13、15-3.3-9与参考序列比对在靶位点位置分别缺失14个碱基，2个碱基，在软件上可以简单明了看到差异。

05

模拟建立克隆

SnapGene具有模拟建立克隆的功能，这使得我们设计建立克隆方案更加简便，如果克隆过程设计方案有缺陷，我们可以借助模拟发现并做出纠正。SnapGene可以模拟的标准限制性克隆也可以模拟融合克隆。步骤分别如下（图9）：

① 打开需要被插入片段的质粒图谱，点击Actions → restriction and insertion cloning → insert fragment

② 切载体。在质粒中选取合适的酶切位点，单酶切直接点击该酶即可，双酶切则需要按住shfit按键再点击两个酶，图中我选择了EcoRI和HindIII，这样即完成载体的酶切；

③ 目的基因片段。选取insert→source of insert，将需要插入的目的基因片段序列文件加入其中，在目的基因片段中选取同样的两个酶进行酶切，必要时点击调整方向使其匹配，点击clone完成模拟

图9

插入片段我选择的是另外一个质粒，可以通过图1左下角的History来看操作过程，如图10所示

图10

除了以上介绍的SnapGene主要功能和操作流程外，还有一些其他功能，如模拟胶图、融合克隆等，大家感兴趣可以自己尝试做一下，另外不懂的也可以去官网看教学视频。

SnapGene作为分子生物学上常用的软件，由于功能强大，界面优美，获得了大量科技工作者的喜欢。对于现在测序技术飞速发展的时代，有了这个软件，科技工作者对于基因的研究更加如虎添翼。在基因组测序，转录组测序和细菌完成图等方面都可以用该软件设计后续的验证实验。