【外显子测序】-体细胞LOH/CNV检测

#20191015

1，基本概念

拷贝数变异 (Copy number variation, CNV)

是指基因组片段的拷贝数增加或者减少，是基因组结构变异(Structural variation, SV)的重要组成部分，可分为缺失 (Deletion) 和重复 (Duplication) 两种类型，是一种重要的分子机制。CNV 能够导致包括癌症在内的复杂疾病,对于染色体水平的缺失、扩增的研究已经成为肿瘤研究热点。

杂合性缺失 (Loss of heterozygosity, LOH)

是指在正常组织中，该位点处于杂合性的状态，而在肿瘤组织中，由于染色体拷贝数目的变化、基因转换、体细胞重组和有丝分裂不分离等机制导致原来处于杂合性状态的一些位点转化为纯合性状态。这种由杂合状态转换为纯合状态的结果称为杂合性缺失。杂合性缺失一般与肿瘤的抑癌基因 (如 TP53) 有关，在两 个等位基因都存在时，会抑制恶性肿瘤的发生。而当一个等位基因明显异常或缺失时(另一个等位基因已经处于没有活性的状态)，将不再产生抑制作用，细胞就转化为癌细胞。

采用 Control-FREEC(http://bioinfo-out.curie.fr/projects/freec/) (Boeva V etal. 2011) 软件对 Tumor 及 Normal 成对样本检测 Somatic CNV 以及 SNV 位点上的次等位基因频率 (B Allele Frequency, BAF)，该软件能够分析超二倍体的肿瘤样本以及混杂了正常细胞的肿瘤样本。