【一文就够】批量查询SNP的基因组位置等信息

十年前，GWAS横空出世。SNP成了近十年遗传学研究的宠儿。

十年后，SNP不仅作为疾病标志物，走入大众视野。其生物学功能也逐步被发现。文章不胜枚举。

我们都知道rsID是SNP的身份证。那么，如你手头有多个rsID号，你会如何得到他们的基本信息呢？

今天让我们使用R语言，来快速地认识一下手中SNP的基本信息吧。

```r

# 安装并加载ENSEMBL家的注释包“biomaRt”

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("biomaRt")

library(biomaRt)

# 设置基因组位置版本

mart.snp <- useMart(host="http://grch37.ensembl.org",  # 这里用b37版本

                    biomart="ENSEMBL_MART_SNP",

                    dataset="hsapiens_snp")

# 设置想得到的信息。

getAnno <- function(rs = "rs3043732", mart = mart.snp) {

  results <- getBM(attributes = 

                    c( "refsnp_id","chr_name","chrom_start","chrom_end","allele"),  # 想得到啥就写在这里吧。

                   filters    = "snp_filter", values = rs, mart = mart)

  return(results)

}

# 整两个SNP试试批量化功能

want <- c("rs76347095","rs79636616")

out <- getAnno(want)

# 妥妥得到这俩SNP的信息

#     refsnp_id chr_name chrom_start chrom_end allele

#1  rs76347095        2    46589323  46589323    C/A

#2  rs79636616        5     8373495   8373495    T/C

# 保存成excel格式，回头慢慢看。

write.csv(out,"test.csv",quote=F,row.names = F)

```

你可以用excel打开“test.csv”，慢慢看结果咯。

以上。

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

另外，我分享了一个目录：版内《生信问题及解决方案》目录汇总

旨在 完善知识体系、方便查询所需代码、减少搜索的时间；

~~~喜欢我的分享，请用丁当鼓励我吧！~~~~

如你想我发布其他的生信经验分享，可以私信留言给我，

我会不定期挑选一些发布在坛子里

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~