非编码基因启动子promoter的寻找（仅需六步）

一、进入NCBI 的BLAST。

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasth ome

选择合适的基因组，输入未知的非编码序列,点击BLAST：

二、比对结果分析：

结果显示有两条与之匹配的序列，选择匹配度最高的第二条，点击查看详细情况：

三、序列比对：

图中显示序列为人类1号染色体： 186680622-186681446 的区域。再比对序列顺序。比对的序列（即是Query）数字增大的（从1→60），结果对比基因组的序列(即为sbjct)是逐步降低的（186680662→186680681），说明这段l序列比对在参考基因组正义链上。则启动子序列在正义链下游，即是 186680661-186678661，同理如果是反义的话就最大位点加2000，186681446+2000。

四、找到参考基因序列

在blast结果中，点击以下红框的部分，进入参考基因组序列的界面。

五、选择目标区域，并下载序列

到达下面这个界面，就是人类1号染色体的序列界面。选择“change region shown”。

填写之前找到的下游2k的坐标。

点击“updata view”。红框中显示：“Showing2.00kb region from base 186678621 to 186680621 ”,表明修改成功了。点击Fasta。

第六步：显示的就是我们所需要的序列了，即非编码基因启动子序列：

欢迎大家指导学习！！！