CRISPR-offinder软件

CRISPR-offinder，一款用户可自定义PAM的CRISPR sgRNA设计和脱靶效应评估软件

网址：

https://sourceforge.net/projects/crispr-offinder-v1-2/

Download version: CRISPR-offinder-1.0.zip

Zhao C, Zheng X, Qu W, Li G, Li X, Miao Y, Han X, Liu X, Li Z, Ma Y, Shao Q, Li H, Sun F*, Xie S*, Zhao S*. CRISPR-offinder: a CRISPR guide RNA design and  off-target searching tool for user-defined protospacer adjacent motif. Int J Biol Sci, 2017,13(11):1470-1478.‍d‍oi:10.7150/ijbs.21312‍.

选择高效且特异的sgRNA需要注意的因素有：

(1)sgRNA的长度为17~20nt；(2)可选3'末端含GG的sgRNA，避免使用含“TTTT”转录终止序列的sgRNA，GC%含量为  40%~60%；(3)如果构建U6或T7启动子驱动的sgRNA表达载体，为提高转录效率，可限定sgRNA的5'末端为G或GG；(4)如需造成基因  移码突变，尽量选择在功能域或编码区内部设计sgRNA；(5)检查sgRNA靶标位点基因组序列是否存在SNPs；(6)针对Cas9单切口酶设计  “paired-gRNA”，需限定两个sgRNA之间的距离，建议为–2~32nt；(7)分析脱靶位点可限定最大允许5个碱基错配，并同时评估种子序 列的特异性。另外还可评估是否存在碱基插入或缺失。

总之，应选择合适的软件设计sgRNA并进行脱靶分析。一个基因建议选择2~3个sgRNA进行实验验证，再选择活性高的sgRNA开展下一步的功能实验。

原文检索：

谢胜松,张懿,张利生,李广磊,赵长志,倪攀,赵书红. CRISPR/Cas9系统中sgRNA设计与脱靶效应评估[J]. 遗传, 2015,  37(11):  1125-1136.