【交流】《lncRNA干扰之我见》

问题1：lncRNA干扰要比编码蛋白的基因干扰更加困难？lncRNA 的干扰与编码蛋白的基因干扰相比更加难于检测？

回答：



1. lncRNA大部分都是定位于细胞核内，但是RNAi机制在细胞质效用远远高于细胞核;

2. lncRNA是具有高度二级结构的RNA，RNA的二级结构空间位阻碍siRNA与lncRNA的结合；

3. lncRNA与DNA、蛋白相互结合形成复合体，同样阻止了siRNA与lncRNA的结合效率；

4. lncRNA在很多细胞类型或者模型中表达丰度很低，所以在进行RNAi干扰之前建议进行基因的基础表达水平的检测，做到干扰 前后心中有数



问题2：传统的siRNA设计方法是否能够应用于lncRNA？

回答：





一般是可以的，同样需要避免off-target效应，设计的基本原则和参数大部分是相通的，可以根据个体需求做相应的调整

问题3：一般设计几对siRNA可以有效果？

回答：



一般推荐设计3-5条siRNA,选择1-2条最高效的序列进行后续试验。

问题4：针对lncRNA siRNA转染试剂是否有特殊需求？

回答：



没有特殊的需求，大部分转染试剂是兼容的，不过后续检测您可以对细胞核和细胞质的RNA分别进行抽提和检测。