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【求助】有关代谢组学的问题,请各位指点

发布于 2010-06-26 · 浏览 5854 · IP 山东山东
这个帖子发布于 14 年零 319 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我想咨询的问题:
有谁用过代谢组学的软件,我用的是UPLC-MS得到的尿液和血液的数据,我想问一下,如何对数据进行处理,怎么进行峰匹配(峰对齐)
“对血清和尿液样进行检测后,原始数据采用Waters MarkerLynx 4.1软件进行色谱谱峰识别以及峰匹配,由于血清或尿液样中各代谢物的浓度差异较大,因此需要首先对每个色谱图中的色谱峰采用归一化的方法进行预处理,然后构建多维数据集,再采用代谢组学软件SMICA-P(version12.0,Umetrics Sweden)进行多维数据的分析。数据的识别分析方法包括主成分分析法(PCA)、偏最小二乘-判别分析法(PLS-DA)和正交偏最小二乘-判别分析法(OPLS-DA)等。采用PCA或PLS-DA等将多维数据降维后,能得到信息采集中的主成分,用于描述机体代谢的变化情况,从而获得有价值的生物信息。”
问题:
(1)这段中,原始数据是指什么,是我得到的峰面积吗?
(2)waters Markerlynx4.1软件是仪器带有的吗?如果不是,怎么得到软件,怎么用?
(3)每个色谱峰的 归一化怎么处理?
(4)构建多维数据集是怎么构建的?是不是就是得到数据啊?
(5)我要用SMICA-P这个软件做代谢组学的研究,需要得到怎么样的数据,是色谱峰的峰面积,保留时间,还是什么数据呢?
(6)我刚接触代谢组学,有很多都不太懂,有人能指导一下吗,能把这个方法的详细过程,具体的操作,及其注意事项详细的说一下吗?
(7)动物灌胃时,为什么只设高剂量组和低剂量组,而不设个中间剂量组呢,每组几只最好呢(我看资料有五只,有八只的)?血液代谢组学内眦取血为什么只取一次,是不是取后大鼠就死了呢,而尿液却天天取,取七天呢?









最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 5854

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