miRNA靶基因预测总结

本人最近总结microrna靶基因预测完整步骤，现分享如下：

一、  Pictar预测的miRNA 靶位点的基因名称摘取办法
http://pictar.mdc-berlin.de/cgi-bin/new_PicTar_vertebrate.cgi?species=vertebrate
用word打开网页，之后
1.  把含有基因名称的那一列摘出到一个新的word中
2.  合并单元格，并把所有文字移到表格外面，删除表格
3.  查找 , mRNA. 全部替换为nothing（即替换那一栏不填任何东东）
4.  查找Homo sapiens全部替换为nothing
5.  查找\)*\(全部替换为“段落标记”
6.  全选拷贝到excel中新建工作表pictar中，工作表标签及所有基因名称都变成绿色。
二、  TargetScan网站的基因名称及工作表颜色变为蓝色
http://www.targetscan.org/index.html
三、  MIRBASE Family
http://microrna.sanger.ac.uk/cgi-bin/targets/v4/search.pl
四、  mirnaviewer
http://cbio.mskcc.org/cgi-bin/mirnaviewer/mirnaviewer.pl
在Eexel表格中用高级筛选的方式可选出几个网站共有的靶位点。使用不同颜色的字体代表来自不同的预测网站，方便后续分析。

PS: http://diana.pcbi.upenn.edu/cgi-bin/micro_t.cgi/
看基因与miRNA的匹配程度 DIANA MicroTest