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【求助】NF-kB EMSA结果图(请战友们帮忙分析下)

最后编辑于 2022-10-09 · IP 上海上海
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这个帖子发布于 16 年零 350 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
最近做了EMSA,用的是PIERCE的试剂盒。主要是用LPS刺激分化的THP-1细胞半小时,激活NF-KB的入核以及同DNA序列的结合。
结果如图:
1. free biotin-probe
2—7为biotin-probe+核蛋白,其中2为正常THP-1细胞对照,3为LPS刺激30分钟,4—7为LPS处理前加药组
8. biotin-probe+ LPS样(3) + 非标记probe
9. 试剂盒提供的EBNA参照
其中biotin标记的探针每孔上50fmol,未标记的探针每孔10pmol,核蛋白每孔2ug

做出来的结果主要有两个问题:
1. 我的探针是从英骏合成的单链,自己退火成双链的,22个bp,5'端标记biotin。但是我的底部的自由探针跑的比试剂盒提供的EBNA DNA(25bp)快不少,怀疑是否退火效率低,实际上还都是单链的?如果是这种情况的话,那么转录因子会不会和单链DNA结合呢?
2. 我的shift条带形状好像和文献上的不一样,其他人做的LPS诱导的NF-KB入核好像都有p65/p50和p50/p50两个复合物结合DNA形成的2条带,我的会不会是非特异带呢?

麻烦各位战友帮忙分析一下 :)
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