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RT-QPCR的新手实践经验总结,请各位大佬指点

发布于 2022-02-25 · 浏览 2656 · 来自 Android · IP 江苏江苏
这个帖子发布于 3 年零 66 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

作为一名研一的研究生,除了上学期的上课,下学期必不可少的需要学习很多的实验操作。因为课题组师兄师姐都没做过Q PCR实验,所以研一的我成为了课题组的第一人。(因为是帮师兄做的实验,整个过程没少被师兄吐槽)

一 实验前的准备

因为整个qpcr实验需要尽量避免RNA酶的干扰,而RNA酶在环境中又无处不在,所以我们在实验前需要将要用到的耗材进行处理。塑料制品(枪头,ep管)我们使用depc水浸泡过夜,烤干备用。实验前一晚,将泡过depc水的枪头,ep管和镊子(不用泡depc)等高压灭菌,放入烘箱备用。将研磨珠和离心管放入冰箱预冷(研磨用)。配置75%的乙醇,准备异丙醇,放入冰箱备用。

二 提取RNA

这次实验用的是组织(脑),所以在用试剂盒提取之前需要先将组织研磨,我们的组织是当时取好的,放在-80℃中存放的。组织先称重,估算一下后续提取试剂的量,试剂盒上几乎都写着使用液氮研磨,但我们是用研磨仪研磨,我们用的珠子是这样的。

img

① 每25mg组织加入了500ul的提取试剂(特殊2ml离心管),放入研磨珠,60hz,8s研磨。下列操作全程置于冰上操作。向裂解液中加入200ul的DEPC水,上下颠倒,室温静置5min。12000g室温离心15min。

② 吸取上层水相550ul于新的离心管(1.5ml)中,加入550ul异丙醇,上下颠倒混匀,静置10min。12000g室温离心10min,倒去大部分上清后,小心吸取其余上清。

③ 加入500ul 75%的乙醇,轻弹管底,使沉淀悬浮,上下颠倒5-8次,8000g室温离心3min,弃去大部分上清后,小心吸取干净其余上清。重复此操作一次

④ 室温放置晾干,加入25ul DEPC水溶解RNA,使用涡旋仪涡旋3min使RNA溶解充分。

⑤ 使用超微量分光光度计测量RNA浓度。

三 逆转录

① 将水浴锅打开,设置37℃保温。根据所得RNA浓度计算需要的RNA体积(1ug),置于冰上,将所需试剂放在冰上融解备用。

② 取1ugRNA于一个200ul的离心管中,加入1ul的gDNA remover buffer和1ul的gDNA remover,加DEPC水补足至10ul。将体系上下颠倒混匀并离心,放在水浴锅上孵育2min后置于冰上备用。

③ 先统一配置后续试剂,一块板有8个样品,在200ul 离心管中加入40ul buffer,40ul DEPC水,10ul 引物,10ul enzyme,混匀离心。向去除基因组DNA反应液中加入10ul 混合好的试剂,成20ul 体系。轻轻混匀并离心。

④ 在梯度pcr仪上设置,25℃ 5min,50℃ 30min,85℃ 5s。

⑤ 扩增好的产物分装成5份(每份4ul)保存于-80℃。

⑥ 备好明天要用的枪头

四 扩增

① 将扩增所用试剂和模板放在冰上融解,模板融解后离心混匀,将sybr避光上下颠倒混匀,不要产生气泡。将模板用DEPC水稀释10倍,3ul产物加27ul DEPC水(200ul 离心管)。在0.5ml 的离心管中配置8ul引物(前),8ul引物(后),200ul mix和184ul DEPC水,总共400ul,共需配置6管。

② 向每个加样孔中加入18ul 配置好的溶液和2ul 稀释后的cDNA模板,用封板膜封好板后离心混匀(2400g,1min)。

③ PCR程序设置为95℃ 30s,(95℃ 10s,60℃ 30s)*40个循环,融解曲线95℃ 15s,60℃ 60s,95℃ 15s。结束后导出数据。

附: 因为是第一次做,所以很多操作都很稚嫩,感觉在浪费导师的钱财,不知道大家对此有什么看法。

最后编辑于 2022-02-28 · 浏览 2656

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