【求助】请问质粒酶切的疑难问题

:(请问质粒双酶切时使用这两种酶的中的一种buffe与使用另一种bufferr会造成双酶切片段大小会不同吗？或者对电泳迁移有影响吗？为什么转入前后的质粒单酶切的大小片段一样而双酶切的其中一条不对？相差有几百个bp样子。补充：质粒为重组质粒是pEGFP_N1（ 4.7kb）和目的基因 （ 2.1kb），双酶切后目的基因电泳明显大于2.1kb。