【求助】微卫星种间扩增的疑问
小弟一直在做微卫星,大致步骤:从NCBI上下载了EST序列设计引物,设计好的引物先在本物种上做PCR,然后挑取有扩增条带的引物在相近物种上再扩增。
今天用三条已经证明有产物的引物在另外一物种上做了下预试验,结果和预期的不太一样,图我附在后面。
对图的简单说明:1道是50bp的marker,2-4道分别是三条引物在相近物种上的扩增结果,5-8道是我先前的PCR结果又重新跑了下电泳(其中5-7为同一条引物,8和4是同一条引物),9道是100bp的marker。
疑问:1. 2-4道的点样孔较亮,是不是提取DNA时杂蛋白未去除干净?对实验结果的影响有多大?
2. 第4道出现了三条带,但是其位置与在本物种上的扩增结果相差较大(第8道为在本物种上的扩增结果),请问微卫星在种间扩增是不是位置相差很小?也就是说第4道出现的根本不是预期的结果?
3. 电泳图每条带后几乎都有拖尾,请问如何避免这种现象?
4. 如何使图看起来更清晰,我应该加多少EB和上样量?
5 我刚做了两个月的PCR,经验太少,希望高手能对这张电泳图作一个整体评价,小弟感激不尽!
