使用DBTSS的一点体会

DBTSS(Database of Transcriptional Start Sites)是东京大学医学科学院人类基因组中心（Human Genome Center, Institute of Medical Science, The University of Tokyo）开发的研究promoter的一个软件。包含了人8793和小鼠6875个基因promoter区详细的信息。
链接：

http://dbtss.hgc.jp/index.html

它的功能主要有：
1 Search for TF Binding Site： 这是此软件重要的功能之一，你可以在human和mouse基因的promoter区查找你感兴趣的element或已知的转录因子的结合序列（与TRANSFAC Public Ver. 6.0 链接）
2 Mapped TF Site： 给出了一些基因明确的TF binding site和element。
3 Database Search：输入Acc、locuslink或unigene number,就可查找到此基因的TSS和其它相关的信息，如RefSeq ，Locus Link，SNP，Chromosome的链接。
4 Comparative Analysis：两物种间同一基因promoter区的结构进行比较。
5 BLAST search 功能与NCBI相似。
6 SNP Search： 结果与NCBI类似

优点：可在database里查找到在promoter包含自定义的element的基因。
缺点: 不能对输入的Acc号对应序列的promoter区进行分析，它只提供TSS。

问题：对于在某个基因的promoter区查找相关的element,我至今没找到很好的软件，TRANSFAC 要收费，TFSEARCH也试过，但它的database里没有我要的转录因子。不知大家平时使用什么软件来分析promoter，希望大家交流一些分析promoter的体会。
Dxy里分析promoter的链接：

http://www.dxy.cn/bbs/thread/452763