相互作用的两个蛋白，要怎么继续研究

各位老师好。我通过A.抗体做了免疫共沉淀ip.实验，然后送了质谱，在质谱结果里找了一个其他人研究过可以影响MAPK通路的B蛋白。我的A蛋白也能影响MAPK的ert，所以想确定做这个通路。现在的问题是我A和B在蛋白水平没有上下游的调控关系，A蛋白敲低或者过表达后，对B的蛋白表达基本都没什么影响。想问下这种情况，要怎么继续研究机制呢。只求简单做一做，够毕业就行了，求大佬们指点。

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