肿瘤免疫 · 实操教程Day02.定义肿瘤，表型或许是最好的角度！
《肿瘤免疫 · 实操教程——可以操作的肿瘤免疫学》以推文为基础，以肿瘤免疫和纯生信操作为特色，并配有视频讲解、文献资料和期刊推荐。该教程完全免费，只需要每天完成相应内容。
该课程主要包括：①肿瘤免疫前6讲理论和相应公共数据平台的实操，即理论+实操；②从绘图角度分享生信论文复现，解读思路；③结合已经发表生信论文，推荐期刊，并分享投稿策略。第一周安排如下：
Day01、生信入门总动员
Day02、定义肿瘤，肿瘤相关表型
Day03、肿瘤微环境TME
Day04、GEPIA的入门教程☆☆
Day05、K-M Plotter使用教程
Day06、生信论文解读
Day07、生信期刊投稿时的要求
作为医生，我们面对患者的首要反应通常是，有哪些症状和体征，需要哪些检查和检验以做出诊断，如何治疗。这是医生的条件反射，也是临床思维的重点——疾病。但是科研的内核不是疾病，而是表型。总结下来，临床看疾病，科研看表型！
疾病是基础，是科研问题的来处；疾病是多维度的，而不同的维度由各种各样的表型来体现。常见表型，如细胞增殖，细胞凋亡，细胞自噬等都可以用来做生信分析。在面对肿瘤的时候，如何定义肿瘤呢？病理学，遗传学，诊断学，还是生物化学？最好的或许还是表型吧！本次，我们分享《定义肿瘤，肿瘤相关表型》。
01。肿瘤起源
各种不同类型的肿瘤常常都是源于它们各自起源的自身正常组织。相对于周围正常组织，肿瘤组织结构的排列要混乱无序得多。微观结构上，肿瘤组织与正常组织差异巨大，但在组织学上仍然存在某些相似之处。因此，理论上讲所有肿瘤都应该能追溯到其发源的特定组织或器官。
谈及现代生物学，DNA双螺旋结构的发现是非常重要的里程碑。但是，如果没有两位巨人——达尔文和孟德尔——的出现，我们可能还没办法像现在这样对生命活动和疾病有如此深刻的认识。实际上，遗传定律（基因型）很好地解释了生物进化（表现型）。因此，从某种意义上说，孟德尔比达尔文牛多了。
孟德尔（1822-1884）和达尔文（1809-1882）几乎处于同时代。虽然他们都不以科学为职业，但都经过必要的正规科学训练，在科学共同体规则中进行科学研究，没有违反科学规律；即使提出革命性新思想，也仍达到科学所要求的标准。从研究重要性来说，有些人可以认为达尔文的贡献大于孟德尔。但从工作的创造性来说，孟德尔是迄今仍被低估的、极为聪明的生物学家。孟德尔提出问题，设计实验，分析结果，得出初步理论，再实验，证明理论。达尔文主要是观察和推导，也做了一些遗传实验，却没有提出理论（源自饶毅博客， http://blog.sciencenet.cn/blog-2237-377226.html ）。
关于肿瘤的本质，我们首先要明确，肿瘤细胞来源于人体正常细胞。肿瘤细胞的产生完全符合细胞学说（共三条）的第三条——细胞通过分裂产生新细胞。本质上讲，肿瘤细胞是一群起源于自身正常组织、疯长不死不衰老的细胞。
02。肿瘤分类
根据肿瘤组织来源，可以将肿瘤分为四类：上皮组织来源肿瘤，肉瘤，造血系统恶性肿瘤和神经外胚层瘤。此外，还有一些特殊肿瘤，如黑色素瘤、小细胞癌和畸胎瘤。
上皮细胞来源的肿瘤最常见，称为癌。一些上皮细胞的主要作用是封闭腔穴或管道表面并保护其下层细胞，这种上皮细胞发展而来的癌称为鳞状细胞癌（简称鳞癌）。人类大多数肿瘤来源于上皮组织。上皮细胞是构成体腔、管道和表皮的规则排列的层状细胞。在上皮细胞之下是基底膜（有时称基底层）。基底膜是细胞外基质的一种特殊形式，主要由上皮细胞分泌的蛋白构成。还有许多上皮组织中存在特殊的具有分泌能力的细胞，它们可以释放分泌物到自身形成的导管或腔穴中，这种细胞来源的肿瘤称为腺癌。在更多情况下，这些器官来源的肿瘤会包含鳞癌和腺癌两种类型的癌细胞。
肉瘤
肉瘤来源于多种间质细胞，包括分泌胶原的成纤维细胞及其相关结缔组织细胞；脂肪细胞；成骨细胞和组成肌肉的肌细胞；相对多见于儿童的血管肉瘤是由血管内皮细胞的前体细胞产生的。其中TIMER等数据库提供了Sarcoma的数据，可用于生信分析。
造血系统恶性肿瘤
造血系统恶性肿瘤由各种组成造血系统的细胞转化而来。白血病泛指造血细胞谱系的恶性衍生物。白血病的肿瘤细胞是散布在循环系统中的单细胞群，而淋巴系肿瘤则聚集在淋巴结形成实体瘤。血液病的诊断常用瑞特 (Wright) -吉姆萨 (Giemsa) 染色，简称瑞吉染色，一般由检验科细胞室完成；而实体肿瘤的组织染色常用苏木精-伊红染色法 (hematoxylin-eosin staining) ，简称HE染色，是石蜡切片技术里常用的染色法之一，一般由病理科完成。
神经外胚层瘤
由构成中枢和外周神经系统的各种细胞恶性转化而致，包括胶质瘤、胶质母细胞瘤、神经母细胞瘤、神经鞘瘤和髓母细胞瘤。
特殊类型肿瘤
黑色素瘤来源于皮肤和视网膜中的黑色素细胞，而黑色素细胞则是由胚胎中的神经脊发育而来。尽管与神经外胚层细胞的发源地如此接近，但随着发育过程，它却最终落脚在了皮肤和眼睛的组织中，为其提供色素，而与神经系统没有任何直接联系。
因此，总结来说，肿瘤就是一群来自正常组织、疯长不死不衰老的细胞。由于其疯长不死的本质是基因组的改变，因此根据中心法则，肿瘤组织或细胞会产生某些特定成分如分泌蛋白、膜蛋白、外泌体、microRNA等质量的变化，奠定体外诊断的基础。同时，基因组的变化（如p53、BRCA1/2等基因突变）可以通过PCR扩增而测得。当然，人体还存在着修复系统，罹患肿瘤是概率事件。
表现型，英文名phenotype，就是通常说的表型，是与基因型相对应的概念，是兴趣基因（或分子）之外另一个重量级对象。疾病、基因和表型，构成生信分析、基础科研的基本元素。中学时，我们都学过孟德尔遗传定律，其中绿色、矮茎等等是表型；描述人体特征的双眼皮、高鼻梁、宽额头、棕头发等等，也是表型。无线增殖、免疫逃逸破坏、无氧酵解等是细胞行为上的表型，是用来定义肿瘤的概念。临床上或生信分析中的生存参数等，也是表型，是用来评估肿瘤患者的指标。
