ICU脓毒症病原学检测： 宏基因组测序

本次新冠肺的病原体的确定，宏基因组测序功不可没。

但什么是宏基因组测序呢?

要了解宏基因组测序，首先，我们要先了解一下宏基因组学。

宏基因组学（Metagenomics）概念最早是在1998年由威斯康辛大学植物病理学部门的Jo Handelsman等提出的，是源于将来自环境中基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法，而宏的英文是“meta-”，具有更高层组织结构和动态变化的含义。后来伯克利分校的研究人员Kevin Chen和Lior Pachter将宏基因组定义为“应用现代基因组学的技术直接研究自然状态下的微生物的有机群落，而不需要在实验室中分离单一的菌株”的科学。

随着基因测序技术的迅猛发展，基于二代测序的宏基因组学，也就是我们通常所说的宏基因组测序就成为了临床的焦点。宏基因组测序（mNGS）是综合分析来自患者样本的微生物和宿主的基因物质（DNA和RNA）的方法，应用于多种感染性疾病的诊断、疾病和健康状态下微生物学分析、人类宿主反应对感染传播的特征化、识别肿瘤相关病毒。

传统微生物诊断的方法是体液培养检测和药敏试验，但阳性率仅为10%左右；PCR检测在敏感性、特异性和检测时效上明显优于培养法，但因为该法基于已知病原菌的基因组序列，所能提供的信息有限，依然不能解决临床诊断阳性率低的问题；除此之外，对于混合感染和未知致病微生物的检测是传统检测方法无法逾越的障碍。所以传统检测虽然提供了相当经济有效且快速（通常少于2小时的检测时间）的方法，但是只限于诊断已知的最常见的感染。临床检测方法的局限常常导致错误用药和延误治疗，故此尽快发展新的能满足临床需求的检测方法刻不容缓。

高通量测序技术的发展和组学技术的兴起为发展新的检测技术提供了新的可行途径和思路，宏基因组测序（mNGS）描述了样本中存在的所有DNA或RNA信息，从而能够分析整个微生物组以及患者样本中的人类宿主基因组或转录组，让致病微生物无所遁形。

临床宏基因组测序与传统方法指标对比