limma对TCGA的FPKM表达数据差异分析求助
这个帖子发布于 5 年零 216 天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我从TCGA上下载了肿瘤的FPKM表达数据，想用R语言的limma包对其做差异分析。
用过这个包的通知都知道，其输入是要求log转化后的表达量的。经观察，我发现下载
的FPKM数据的表达值最大都不超过50，所以怀疑是不是已经做过log转化了。有没有
哪位大神知道TCGA官网上的FPKM数据，有没有经过log转化，我要用limma对其进行
差异分析的话，还需不需要再次log化？
下图是我将多个样本的FPKM表达情况整理成的表达矩阵：
