如何查找靶标基因的转录因子
发布于 2019-11-16 · 浏览 7119 · IP 未知未知
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做为实验室的师姐，完全不敢相信我已经一把年纪了，但依然相信还是最美丽的，哈哈哈。
今天根据自己的经验分享给大家一项神技—怎么找转录因子。现在以PD-1为例做介绍。
首先寻找promotor区，在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene中搜索PDCD1,如下：
点开后选择FASTA，同时注意到是互补链那一条为正义链。因此我们选取2000bp序列，
区段，updata进行显示。
粘贴完整序列，从>NC开始。粘贴进入http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3，这个使用比较人性，选择物种后错误率那个选0，submit，有惊喜。你想要的都有。
到此都是预测，很多信息都点开来看看。接下来很多事情可以做，比如http://gepia.cancer-pku.cn这个神web看看两者相关性，比如https://www.proteinatlas.org这个神web看看蛋白表达的位置。剩下的就是设计引物，做做IP，CHIP，一系列烧钱的操作，当然去数据库上找找现成的CHIP-seq的数据分析一下也是相当不错的。
最后祝各位早日发大文章，走上人生巅峰，噢耶！
最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 7119
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