外周血DNA甲基化测序初步结果应该如何分析?
各位老师好,我做了5例病人与5例健康人的外周血DNA甲基化850K测序,目前返回了结果,可是对后续分析存在以下疑问;
1. 差异甲基化数据呈现形式为DMP(单独的差异甲基化位点) DMR(差异的甲基化区域) DMBlock(范围更大一些的DMR),每个表都有很多P<0.05的基因,但校正后均>0.05。也对每个表中数据进行了KEGG和GO分析,可富集结果也是P<0.05,但校正后均>0.05。我关注的是对基因转录存在影响的差异甲基化位点,因此后续应该针对差异甲基化结果进行研究还是针对GO、KEGG分析结果入手?
2. GO分析包括BP、CC、MF三项,我应该重点关注哪个吗?还是直接将GO分析与KEGG分析差异基因取交集,然后再检索文献?
3. 差异甲基化所在的基因位置包括upstream,downstream,UTR5,UTR3,intronic,exonic等,我发现有很多差异位点位于UTR5及外显子区,其对基因表达影响可能与启动子区域甲基化对转录影响机制不同,当然能找到启动子区域甲基化更好。那么针对非启动子区的甲基化后续应该如何研究呢?
4. 因为此次测序样本很小,如果解决了以上3个问题,明确了备选基因后,后续研究思路应该是什么呢?
第一次接触基础,好多东西不太懂,垦请各位老师指教,谢谢!
最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 3082