【一文就够】查找某一序列范围内所有SNP

虽然我做SNP研究很多年了，但是很少写SNP的分析代码。主要原因是感觉到坛子里研究SNP的战友不多。

只写过一个：【一文就够】批量查询SNP的基因组位置等信息

看到一个求助帖，希望得到：某一序列范围内所有SNP

如果他读懂了我前一个SNP帖子，那么，对于查询的问题，应可一通百通了。但是，，，并没有……

所以，我就再写一个代码贴吧。用R语言运行即可。

```r

# 安装biomaRt包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("biomaRt", version = "3.8")

# 加载包

library(biomaRt)

# 选择SNP数据库

mart.snp.hs <- useMart(host="http://grch37.ensembl.org",

                        biomart = "ENSEMBL_MART_SNP",

                        dataset = "hsapiens_snp")

# 查询基因组区域内的所有snp。

res <- getBM(attributes = c( "refsnp_id","chr_name", "chrom_start", "chrom_end","allele"),

                       filters = list(chr_name=1,

                                          start=c(222133118),

                                          end=c(222204361)),

                        mart = mart.snp.hs)

# 结果前6行如下

head(res)

#  chr_name chrom_start chrom_end   refsnp_id allele

# 1        1   222133118 222133118   rs2790754    T/C

# 2        1   222133119 222133119 rs188023811    A/G

# 3        1   222133122 222133122  rs75899569    T/A

# 4        1   222133123 222133123 rs373516550    C/T

# 5        1   222133142 222133142 rs926715975    T/C

# 6        1   222133143 222133143 rs931440545    C/A

# 保存成excel格式，回头慢慢看。

write.csv(res,"test.csv",quote=F,row.names = F)

```

你可以用excel打开“test.csv”，慢慢看结果咯。

以上。

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另外，我分享了一个目录：版内《生信问题及解决方案》目录汇总

旨在 完善知识体系、方便查询所需代码、减少搜索的时间；

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