请问如何分析蛋白质之间的相互作用

我对蛋白质相互作用非常感兴趣，不知有没有专门分析蛋白质间相互作用的软件，在已知两个蛋白质的正确构象的条件下，利用两个蛋白质的pdb构想文件，通过这些软件来分析两个蛋白质通过那些氨基酸相互作用，这些氨基酸又是通过哪些基团相互作用的，蛋白质间相互作用后，蛋白质的构象会发生什么变化。请各位指点。（如果有这样的软件，能否免费下载到）。