【求助】siRNA转染后目的基因未被干扰，该怎么办？

各位老师前辈们好！
我刚做实验，第一次做siRNA转染。在公司买了两条siRNA，分别针对不同的靶基因。其中一条序列是在文献中找的，另外一条是公司设计的，公司还附送了通用阴性对照。
为了省钱（虽然很不好意思，但这是主要原因），我没有买带荧光的阴性对照，没有买阳性对照。
现在结果是：
1. 文献中找的siRNA转染后，RT-PCR检测没有被干扰，重复了两次转染，做了N次RT-PCR，都是这结果；但是我检测下游基因，表达倒是有变化，只是跟文献中的变化相反；
2. 公司设计的那条siRNA，通过RT-PCR做下来干扰效果不错，下游基因变化也在预料中。
我真的很想请教一下：
像我现在的情况，我能怎么办呢？应该无法检测转染效率吧，也不晓得是不是转染条件不好，我下游目的基因的变化是不是能间接说明其实siRNA转染后是有物质被干扰的，虽然结果与文献中的相反（与文献用的细胞不同，RT-PCR的引物不同）。
而且我也考虑，会不会是RT-PCR的引物刚好在被干扰的位置同侧，导致无法检测出想要的结果？
感激涕零！！！